インボイス制度の下では、免税事業者等からの課税仕入れについては、仕入税額控除のために保存が必要な請求書等の交付を受けることができないことから、仕入税額控除を行うことができません。
　ただし、インボイス制度開始から一定期間は、免税事業者等からの課税仕入れであっても、仕入税額相当額の一定割合（令和5年10月1日から令和8年9月30日までは仕入税額相当額の80%、令和8年10月1日から令和11年9月30日までは仕入税額相当額の50%）を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています。
　この経過措置は、免税事業者等との取引への影響を緩和するための措置で、一般的に免税事業者等との間で想定される取引規模をはるかに超える規模の取引が免税事業者等との間で行われ、本経過措置による仕入税額控除が行われるとすれば、制度の予定するところではないため、令和6年度税制改正により、免税事業者との間では想定され難い規模の取引について、本経過措置の適用を制限することとされました。
　具体的には、一の免税事業者等から行う当該経過措置の対象となる課税仕入れの額の合計額がその年又はその事業年度で税込み10億円を超える場合には、その超えた部分の課税仕入れについて、本経過措置は適用できません。